Tanti anni ed auto fa, mi è capitata una cosa simile.
Se si tratta di una occlusione ad uno scarico, devi individuarne la posizione empiricamente, cominciando con il versare un po' d'acqua nella parte alta delle battute del cofano motore (ovviamente aperto), nel lato opposto a quello in cui riscontri ristagni, allo scopo di individuare la posizione del foro di scarico che ancora funziona e che dovrebbe scaricare acqua sotto la vettura.
Localizzatolo, considerando che, generalmente, sono sempre due, devi verificarne visivamente la presenza in maniera speculare dal lato in cui riscontri ristagni d'acqua e smuovere la probabile occlusione con, ad esempio, un fil di ferro.
Smosso il grosso, prova a versare pochissima acqua e vedi se si scarica come dall'altro lato.
In caso di riscontro positivo, osa con più acqua e dai ad ambedue una bella ripulita.
Comunque sia, credo che in un qualunque Skoda Service ci sia qualcuno in grado di effettuare tale operazione con una spesa davvero irrisoria...