Innanzitutto se senti uno scatto metallico abbassando il finestrino molto probabilmente si sta rompendo il meccanismo alzavetro (solitamente uno dei 2 bracci che sorregge il vetro), guaio comune a moltissimi modelli vw. Il pannello dovrebbe avere 3 viti dentro la maniglia/poggiabraccio il resto è con spinette a pressione, si levano facendo leva nei pressi della spina con un cacciavite tra portiera e pannello, poi sfili il pannello facendolo scivolare parallelo alla porta verso l'alto.
Però smontato il pannello non hai risolto nulla perché ti troverai un contropannello in lamiera che sigilla tutta la porta cui è attaccato (dal lato opposto) il meccanismo alzavetro. Qui lo smontaggio è più complesso, non tanto per i bulloncini (da 10mm) con cui è fissato (prima vanno aperte le 2 botole in gomma che troverai, abbassato il finestrino fino a che non compaiono i bulloni di fissaggio in corrispondenza delle botole, fissato il vetro con nastro alla portiera in modo che non cada giù e vanno allentati i suddetti bulloni e poi abbassato il vetro quanto basta a sfilarlo dai supporti) quanto per il fatto che probabilmente necessita di smontare anche la serratura della porta. Non ne sono sicuro perché l'ho fatto sulla leon (è praticamente uguale) ma non sulla skoda.
Dovesse servirti sul forum http://forums.vwvortex.com/ troverai delle guide con foto x vw/seat
Dovesse essere veramente il supporto alzavetro (che vedrai è fatto di naylon) ti conviene andare da un ricambista generico e prendere il kit alternativo in metallo, così non si rompono più.