Non solo sei entrato in gamba tesa, ma pure col piede a martello e con due piedi uniti: comunque benvenuto, anche se mi discpiace che esordisci con un problema.
Non so se sei un "disturbatore" (chiamato in gergo troll mi pare) oppure se sei davvero un utente insoddisfatto, ma voglio per ora propendere per la seconda ipotesi.
Detto questo mi viene difficile dare un giudizio alla tua storia percchè mancano dei dati secondo me importanti: anno di immatricolazione, alimentazione dell'auto (è a gas deduco), l'impianto lo hai fatto montare tu aftermarket o l'ha montato Skoda, chilometraggio al quale è accaduto il problema, esito della diagnosi dell'officina, problema riscontrato...
Insomma, tutto può essere. Per cambiarti il motore, deve essersi spaccata la distribuzione, deve essersi fuso il motore, devi aver girato a secco di lubrificazione...insomma...sono diverse le cause possibili.
Potresti dare informazioni più precise? Un motore non si cambia così...facilmente.
Riguardo allo spegnimento è capitato anche a me (ma per un altro problema risaputo in Skoda-VW) e non è così traumatico perchè comunque l'auto non si blocca all'istante e non si impianta in 5 metri. Non fà piacere, non è sicuramente bellissimo, ma da qui a dire che il solo arretso del motore comporti conseguenza fisiche e psicologiche ai passeggeri...