Dunque.... dal titolo sembra che il problema si manifesti alla partenza; tuttavia, sono propenso a ritenere che si presenti anche in altre circostanze, come un'accelerata decisa dopo una scalata o anche solo un'accelerata non proprio graduale.
Il riferimento che fai alle condizioni atmosferiche ed al miglioramento che noti dopo aver cambiato il filtro fa pensare al misuratore di massa d'aria (detto anche, un po' impropriamente, debimetro) e/o al sensore di temperatura atmosferica; talvolta questi due dispositivi sono integrati in un unico corpo. Occorre pulirlo/i, specie se si è soliti usare il motore con marce alte e pedale dell'acceleratore molto premuto; si provoca, infatti, in tal modo, in misura maggiore, una sorta di "rigurgito" dei vapori d'olio in aspirazione che tendono ad imbrattare l'aspirazione ed i componenti ad essa asserviti, tra i quali, per l'appunto, il debimetro.
Altra parte saliente nel contesto di specie è sicuramente il corpo farfallato. Qualora detto componente patisse un certo trafilaggio d'aria, esso può essere più consistente se a monte, ovvero, nella fattispecie, nella scatola del filtro, si trovi un impedimento, una "perdita di carico", all'aspirazione. In questo ambito si spiegherebbe abbastanza bene il miglioramento che noti dopo aver sostituito il filtro: quando esso è perfettamente pulito, è più permeabile all'aria e quindi il collettore si trova mediamente meno in depressione a parità di condizione di apertura della valvola a farfalla ed il trafilaggio è, conseguentemente, inferiore.
Analogamente, se il trafilaggio fosse localizzato in corrispondenza di una guarnizione, anche del piccolo "O-ring" in polimero plastico che separa l'alberino su cui si impernia la farfalla dall'ambiente esterno, l'umidità dell'aria potrebbe rendere più efficace (per gli usuali fenomeni di igroscopicità cui sono soggetti i più disparati materiali che tende ad ammorbidirli ed anche a rigonfiarli) la sua funzione, arrecando un temporaneo miglioramento.
In ultimo, mi sento di consigliare di porre l'attenzione ai dispositivi dedicati alla compensazione del minimo; se questi non funzionano a dovere, ad una minima pressione dell'acceleratore ad un regime prossimo a quello del minimo, il motore si ritrova senza il suo sostegno in maniera non consona; si passa, cioè, all'accelerata del guidatore da quella automatica senza la dovuta gradualità: lo "strattonamento" o il "singhiozzamento" è, ovviamente, in questo caso praticamente inevitabile. Prova a vedere che succede partendo al minimo con la prima o la seconda inserita, senza accelerare e facendo attenzione che il motore non si spenga (devi essere molto delicato nel rilascio della frizione, come e più di quando si riparte su fondi a scarsissima aderenza); questa manovra potrebbe rivelare, ad un orecchio (ed occhio) attento qualche scompenso.