Le Panda seconda serie hanno i seguenti difetti congeniti:
Body computer progettato male in modo tale da portare al surriscaldamento del connettore fari, fatto che porta all'interruzione del collegamento con spegnimento di uno o due fanali.
Sempre riguardo ai fari, sezione dei conduttori anabbaglianti ed abbaglianti inadeguata tanto da creare una sensibile caduta di potenziale fra centralina e lampada, che porta quest'ultima ad venir alimentata con un basso voltaggio, con meno luce prodotta. Il che fa il paio con un riflettore non proprio efficientissimo.
Motore, i fire soffrono della rottura di una saldatura nella centralina di accensione che alimenta le bobine, una delle due non viene più alimentata ed il motore gira a 2 cilindri. 500€ per la riparazione (esistono centri specializzati in quest'operazione), 800€ per la sostituzione. Anche le bobine stesse sono cagionevoli.
Il mj, oltre ai noti problemi di rigenerazione dpf, soffre di debolezza al tendicatena distribuzione.
Sino a circa il 2007 lo scarico dell'acqua piovana bagnava direttamente la centralina ABS, mandandola in corto e causandone la sostituzione, problema risolto da una modifica.
Interni: le lampadine d'illuminazione plancia si bruciano a gogò (ma la loro sostituzione è semplicissima) al pari della lampadina accendisigari. Il climatizzatore ha una certa tendenza a perdere la carica, il servo elettrico (fino al 2012) è cagionevole e decisamente costoso da riparare.
Il telecomando a chiave ha la gommina dei tasti particolarmente sottile, si buca facilmente, e la molla di richiamo della chiave retrattile salta (come in tutte le Fiat con quella chiave).
Per il resto l'auto è sana, non ha particolari problemi