Skoda ha motori VW (gli stessi montati su Audi e Seat) perchè è parte dello stesso gruppo, mentre Hyundai e Kia hanno gli stessi motori perchè Kia appartiene al gruppo Hyundai.
Non hai specificato se ti riferisci a motori benzina o diesel. In generale non si può dire che uno è più affidabile dell'altro o uno è peggio dell'altro perchè molto dipende innanzitutto dal tipo di auto su cui ti orienteresti.
Quello che mi senti di dire è che a livello generale, i motori VW sono conosciuti come essere generalmente affidabili, anche se ultimamente hanno diversi problemi, soprattutto alcune taglie, mentre di Hyundai non ho sentito problemi di sorta. C'è anche da dire che di motori Hyundai ne circolano meno rispetto a motori VW e quindi è logico che in termini assoluti la difettosità è inferiore.
VW come tante altre ha problemi sull filtro antiparticolato delle diesel, che è sconsigliato per chi fa tragitti brevi, avevi problemi agli iniettori dei motori 2.0 diesel del 2007 ma ora sono i nuovi common rail che hanno risolto il problema. So che hanno problemi sul 1.6 come erogazione, ma è un problema di tipo elettronico, così come su qualche 1.4 e su qualche 1.2 benzina.
Però ripeto...dipende molto dal tipo di auto e dal fatto che ne circolano molti e quindi le lamentele sono superiori.
Sinceramente dei motori Hyundai ho sentito pochissime lamentele, forse perchè appunto ce ne sono in giro meno, forse perchè sono davvero ben fatti.
Cerca, se devi comprare un'auto, di stabilire bene per cosa ti serve (lavoro, gita, montagna, fare la spesa...) e stabilisci indicativamente un tetto di spesa.
Puoi pensare ad una Skoda Fabia o ad una Skoda Roomster, così come ad una Hyundai i20 o i30. Credo che con entrambe le opzioni cadresti bene perchè ritengo che Skoda e Hyundai siano due tra le case che garantiscono il miglior rapporto qualità/prezzo.