Allora, considerando che tutte le Honda hanno un sistema di ricarica "strano", esse non caricano sempre a 14v e rotti. Ci sono momenti in cui la centralina stacca l'alternatore (tipicamente quando non c'è nessun carico in uso) per far risparmiare benzina. Questo già lo sapete.
Detto ciò, l'alternatore quando eroga corrente la tensione ai capi della batteria è normale, circa 14,2v.
Il problema sarebbe quello di andare a vedere se c'è una componente in alternata, che causerebbe lo sfarfallio delle luci, o se è un problema del circuito del sensing del carico sulla batteria (sta nella scatola fusibili).
Inoltre ho notato una certa stanchezza dell'alternatore: se accendo tutti i carichi, ma proprio tutti, es. a/c + accendisigaro + luci abbaglianti + fendinebbia anteriori e posteriori + freni + radio + sbrinatore lunotto e faccio alzare ed abbassare i finestrini elettrici la tensione ai capi della batteria scende a meno di 11,5v e l'alternatore incomincia a fare un rumore tipico di rottura (whining noise) esattamente come in questo video