Difficile dare un'indicazione esatta su una qualche problematica connessa ad un dispositivo tanto complesso quanto poco diffuso.
Conoscendone, invero non molto approfonditamente, la struttura, posso arguire che possa trattarsi di una non perfetta officiosità di uno dei due attuatori principali, deputati alla gestione della frizione e del leveraggio del cambio. Dalla tua descrizione, non sembra che il rumore sia assimilabile a quello usualmente prodotto dagli ingranaggi che innestano con fatica a causa del mancato distacco della frizione (dicesi, in termini "popolani", la sonora "grattata"). Pertanto, o si è creata una mancata sincronizzazione tra l'innesto della marce e il movimento della frizione, oppure, più probabilmente, sono proprio gli attuatori medesimi, durante il loro servizio, a creare la rumorosità che citi.
A parte quanto sopra, mi appare assai strano che in nientemeno di un anno di convivenza con la vettura in questione tu non abbia mai ritenuto opportuno di rivolgerti ad una officina per palesare l'aspetto di specie; anche perché quanto descrivi denota una qualche imperfezione di funzionamento e mantenerla irreparata per lungo tempo, specie se di rilievo, non può che peggiorare la situazione.